10 の dcmodel ネットミーティングのメモ書き

参加者

北大
- 石渡正樹, 杉山耕一郎, 山下達也, 馬場健聡, 荻原弘尭, 川畑拓也
神戸大
- 高橋芳幸, 西澤誠也, 納多哲史, 井谷優花, 黒田美紀, 河合佑太, 高橋由実子
九大
- 中島健介

次回日程

日時
- 2012/01/31(火) 14:00-16:00
場所
- 神戸大 : 自然科学 3 号館 508
- 神戸大 : ポートアイランド 3 階サロン　　
- 北大 : 理学部 8 号館コスモスタジオ
- 九大 : 理学部 3 号館 3605

arare の現状 (杉山)

現在進行形の作業
- バグフィックス
  - 計算がすぐ落ちる問題とエクスナー関数が減少していく問題
    - 当たりがついておらず難航中
- arare4 と arare5 の計算結果の比較
- ドキュメントとソースの整合性のチェック
  - ドキュメントに 3 次元コードに関する記述を追加している

進捗状況 (河合)

MPI (および OpenMP)による並列化が完了した
- IGModel のベースライブラリを拡張した
- ベースライブラリの上に乗っている数値モデルのコードにはあまり大きな変更はない.
  - 並列化のフラグやハロー領域のインデックス情報の取得に関するコードを追加したぐらい
- 情報実験機(1 台, 4 core cpu)で, MPI 並列のテスト計算も行った
  - 計算速度はまだ求めていない(計算機環境として性能評価はできない)
並列化の概要
- ハイブリッド
- IO 関係
  - MPI2 の仕様を採用
  - NetCDF4 の仕様を使っている
- 並列領域の区切り方に依存して, ノード数を 10 か 40 か 160 .. に指定するような設計
  - NICAM と同じ並列領域の区分方式をおそらくとっている(?)
- コメント
  - 並列数は自由に指定できる方がよいのではないか (西澤)
    - プログラムが複雑になりすぎるため, 固定にした (河合)
    - 最小値が 10 だと, 学内で計算する際に不便そう (西澤)
      - OpenMP のみの並列化も可能(河合)
  - NetCDF4 が mpich2 では正しく動作したが, OpenMPI では正しく動かない (河合)
    - NetCDF 付属のテストを走らせると OpenMPI では落ちる
      - NetCDF の開発者には 2, 3 年前から知られている問題(?).OpenMPI の開発者に要請を出しているが, 改善されていないようだ(?).
      - スパコンにはベンダーが実装した MPI がインストールされているため, バグがあってもサポートしてくれるだろう.
現計算環境
- 現段階では情報実験機 (4 core cpu の計算機数台(有線 LAN 接続)) を使用している
  - ハイパースレッディングに対応しており, 見た目上は 8 プロセス走らせる事が可能
今後の予定
- 性能評価
- テスト計算の続き
  - 山岳波
  - 松野-Gill パターン
  - etc..
- 宇宙研のスパコン利用
  - 3 月に申請する予定
    - 現段階では PC でも実行可能な計算量なので急がない

現状報告 (井谷)

モデルのチューニングと, 実際の地球気候との比較について
- 文書化中
自転軸傾斜を変えた実験
- 計算は終了
- 考察中