HPCI アプリFS 提出版の計算時間測定

1. 概要
2. ソース
3. 実行計算機
4. コンパイル設定
5. 実験結果

概要

HPIC アプリFS 提供版の実行時間測定

ソース

• <URL:dcpam5-mini_all-20131217.tar.gz>

実行計算機

• x86_64
  • CPU: Intel Xeon E5-2665 (2.4GHz, 8 cores, HT and TB enabled) x 2 sockets
  • MEM: 16GB
• FX10
  • CPU: Fujitsu SPARC64 IXfx (1.848GHz, 16 cores)

コンパイル設定

x86_64

• コンパイラ: intel compiler (ifort 13.0.1, mpiifort 4.1)
• コンパイラオプション
  • ispack: -O3 -xHost -openmp (SSE=avx)
  • spml: -O3 -xHost
  • dcpam5: -O3 -xHost -openmp -heap-arrays -DSJPACK

FX10

• コンパイラ: Fujitsu compiler (1.2.1)
• コンパイラオプション
  • ispack: -Kfast,openmp,paralle,simd=2 (SSE=fort)
  • spml: -Kfast,parallel,simd=2
  • dcpam5: -Kfast,parallel,simd=2 -DSJPACK

実験結果

x86_64

• 並列数: 4 プロセス x 8 スレッド (numa コントロール無し)
  • 実行時間: 7:34
  • タイマー結果 (時間はCPU時間の合計)

####### CPU TIME SUMMARY #### [rank=000000] ####
surface_properties     0.447307E+00
auxiliary              0.155144E+02
set_gcmr               0.163069E+00
set_o3                 0.176811E+02
rad_Earth_SW_V2_1      0.706150E+03  (11.77 minutes)
set_solarconst         0.141986E-01
rad_Earth_LW_V2_4      0.892750E+03  (14.88 minutes)
vdiffusion_my1974      0.476661E+01
surface_flux_bulk      0.390528E+00
subsurface_diffusion   0.117694E+00
phy_implicit_sdh_V2    0.582555E+02
bucket_model           0.112222E+00
phy_implicit_utils     0.580355E-01
rad_utils              0.567937E+00
intg_surftemp          0.159178E-01
dynamics_hspl_vas83    0.460609E+03  (7.68 minutes)
mass_fixer             0.256456E+02
relaxed_arakawa_schu   0.339434E+03  (5.66 minutes)
lscond                 0.128159E+02
dry_conv_adjust        0.597709E+01
timefilter_williams2   0.115978E+02
check_prog_vars        0.722943E+00
others                 0.988739E+01
------------------------------------------------
       TOTAL TIME =    0.256369E+04  (42.73 minutes)

• 並列数: 4 プロセス x 4 スレッド (numa コントロール無し)
  • 実行時間: 6:21
  • タイマー結果 (時間はCPU時間の合計)

####### CPU TIME SUMMARY #### [rank=000000] ####
surface_properties     0.215796E+00
auxiliary              0.705651E+01
set_gcmr               0.548796E-01
set_o3                 0.690903E+01
rad_Earth_SW_V2_1      0.303762E+03  (5.06 minutes)
set_solarconst         0.382365E-02
rad_Earth_LW_V2_4      0.358610E+03  (5.98 minutes)
vdiffusion_my1974      0.551486E+01
surface_flux_bulk      0.487489E+00
subsurface_diffusion   0.116614E+00
phy_implicit_sdh_V2    0.914863E+02  (1.52 minutes)
bucket_model           0.107252E+00
phy_implicit_utils     0.111446E+00
rad_utils              0.111188E+01
intg_surftemp          0.206950E-01
dynamics_hspl_vas83    0.169936E+03  (2.83 minutes)
mass_fixer             0.123595E+02
relaxed_arakawa_schu   0.151755E+03  (2.53 minutes)
lscond                 0.549457E+01
dry_conv_adjust        0.232068E+01
timefilter_williams2   0.526369E+01
check_prog_vars        0.289099E+00
others                 0.409493E+01
------------------------------------------------
       TOTAL TIME =    0.112708E+04  (18.78 minutes)

• 並列数: 4 プロセス x 2 スレッド (numa コントロール無し)
  • 実行時間: 6:30
  • タイマー結果 (時間はCPU時間の合計)

####### CPU TIME SUMMARY #### [rank=000000] ####
surface_properties     0.885388E-01
auxiliary              0.329016E+01
set_gcmr               0.281342E-01
set_o3                 0.328060E+01
rad_Earth_SW_V2_1      0.183976E+03  (3.07 minutes)
set_solarconst         0.310420E-02
rad_Earth_LW_V2_4      0.183116E+03  (3.05 minutes)
vdiffusion_my1974      0.303051E+01
surface_flux_bulk      0.315265E+00
subsurface_diffusion   0.752567E-01
phy_implicit_sdh_V2    0.580983E+02
bucket_model           0.602249E-01
phy_implicit_utils     0.728793E-01
rad_utils              0.789113E+00
intg_surftemp          0.111024E-01
dynamics_hspl_vas83    0.849090E+02  (1.42 minutes)
mass_fixer             0.474743E+01
relaxed_arakawa_schu   0.711783E+02  (1.19 minutes)
lscond                 0.256032E+01
dry_conv_adjust        0.107855E+01
timefilter_williams2   0.251558E+01
check_prog_vars        0.129107E+00
others                 0.243918E+01
------------------------------------------------
       TOTAL TIME =    0.605793E+03  (10.10 minutes)

• 並列数: 4 プロセス x 1 スレッド (numa コントロール無し)
  • 実行時間: 6:00
  • タイマー結果

####### CPU TIME SUMMARY #### [rank=000000] ####
surface_properties     0.610806E-01
auxiliary              0.156952E+01
set_gcmr               0.189743E-01
set_o3                 0.160780E+01
rad_Earth_SW_V2_1      0.726020E+02  (1.21 minutes)
set_solarconst         0.307519E-02
rad_Earth_LW_V2_4      0.102688E+03  (1.71 minutes)
vdiffusion_my1974      0.163892E+01
surface_flux_bulk      0.214150E+00
subsurface_diffusion   0.501016E-01
phy_implicit_sdh_V2    0.410478E+02
bucket_model           0.408758E-01
phy_implicit_utils     0.319861E-01
rad_utils              0.479653E+00
intg_surftemp          0.117546E-01
dynamics_hspl_vas83    0.410975E+02
mass_fixer             0.328943E+01
relaxed_arakawa_schu   0.341777E+02
lscond                 0.127377E+01
dry_conv_adjust        0.539869E+00
timefilter_williams2   0.123165E+01
check_prog_vars        0.268995E-01
others                 0.869098E+00
------------------------------------------------
       TOTAL TIME =    0.304572E+03  (5.08 minutes)

FX10

以下すべて 4 node 使用

• 並列数: 4 プロセス x 16 スレッド
  • 実行時間: 3:10
  • タイマー結果 (時間はCPU時間の合計)

####### CPU TIME SUMMARY #### [rank=000000] ####
surface_properties     0.197030E+01
auxiliary              0.522685E+01
set_gcmr               0.247743E+01
set_o3                 0.738973E+01
rad_Earth_SW_V2_1      0.598479E+03  (9.97 minutes)
set_solarconst         0.100236E+00
rad_Earth_LW_V2_4      0.529999E+03  (8.83 minutes)
vdiffusion_my1974      0.854097E+01
surface_flux_bulk      0.102797E+02
subsurface_diffusion   0.269674E+00
phy_implicit_sdh_V2    0.227981E+03  (3.80 minutes)
bucket_model           0.102960E+01
phy_implicit_utils     0.541444E+00
rad_utils              0.121515E+02
intg_surftemp          0.220327E+00
dynamics_hspl_vas83    0.123303E+04  (20.55 minutes)
mass_fixer             0.349982E+02
relaxed_arakawa_schu   0.230860E+03  (3.85 minutes)
lscond                 0.536977E+01
dry_conv_adjust        0.468959E+01
timefilter_williams2   0.113289E+02
check_prog_vars        0.431024E+01
others                 0.602260E+02  (1.00 minutes)
------------------------------------------------
       TOTAL TIME =    0.299147E+04  (49.86 minutes)

• 並列数: 4 プロセス x 8 スレッド
  • 実行時間: 3:53
  • タイマー結果 (時間はCPU時間の合計)

####### CPU TIME SUMMARY #### [rank=000000] ####
surface_properties     0.114016E+01
auxiliary              0.334220E+01
set_gcmr               0.144960E+01
set_o3                 0.396002E+01
rad_Earth_SW_V2_1      0.387250E+03  (6.45 minutes)
set_solarconst         0.503009E-01
rad_Earth_LW_V2_4      0.357499E+03  (5.96 minutes)
vdiffusion_my1974      0.488861E+01
surface_flux_bulk      0.521875E+01
subsurface_diffusion   0.159566E+00
phy_implicit_sdh_V2    0.171739E+03  (2.86 minutes)
bucket_model           0.740717E+00
phy_implicit_utils     0.209259E+00
rad_utils              0.639955E+01
intg_surftemp          0.130321E+00
dynamics_hspl_vas83    0.649340E+03  (10.82 minutes)
mass_fixer             0.297901E+02
relaxed_arakawa_schu   0.174421E+03  (2.91 minutes)
lscond                 0.349043E+01
dry_conv_adjust        0.284010E+01
timefilter_williams2   0.593035E+01
check_prog_vars        0.206004E+01
others                 0.275205E+02
------------------------------------------------
       TOTAL TIME =    0.183957E+04  (30.66 minutes)

• 並列数: 4 プロセス x 4 スレッド
  • 実行時間: 5:38
  • タイマー結果 (時間はCPU時間の合計)

####### CPU TIME SUMMARY #### [rank=000000] ####
surface_properties     0.769897E+00
auxiliary              0.271083E+01
set_gcmr               0.619178E+00
set_o3                 0.313987E+01
rad_Earth_SW_V2_1      0.341330E+03  (5.69 minutes)
set_solarconst         0.296359E-01
rad_Earth_LW_V2_4      0.279800E+03  (4.66 minutes)
vdiffusion_my1974      0.483029E+01
surface_flux_bulk      0.251008E+01
subsurface_diffusion   0.902380E-01
phy_implicit_sdh_V2    0.126490E+03  (2.11 minutes)
bucket_model           0.419905E+00
phy_implicit_utils     0.159973E+00
rad_utils              0.310933E+01
intg_surftemp          0.494511E-01
dynamics_hspl_vas83    0.370810E+03  (6.18 minutes)
mass_fixer             0.199606E+02
relaxed_arakawa_schu   0.156880E+03  (2.61 minutes)
lscond                 0.291978E+01
dry_conv_adjust        0.255986E+01
timefilter_williams2   0.387028E+01
check_prog_vars        0.769964E+00
others                 0.132205E+02
------------------------------------------------
       TOTAL TIME =    0.133705E+04  (22.28 minutes)

• 並列数: 4 プロセス x 2 スレッド
  • 実行時間: 9:17
  • タイマー結果 (時間はCPU時間の合計)

####### CPU TIME SUMMARY #### [rank=000000] ####
surface_properties     0.321438E+00
auxiliary              0.203588E+01
set_gcmr               0.261080E+00
set_o3                 0.245013E+01
rad_Earth_SW_V2_1      0.307710E+03  (5.13 minutes)
set_solarconst         0.000000E+00
rad_Earth_LW_V2_4      0.243210E+03  (4.05 minutes)
vdiffusion_my1974      0.348989E+01
surface_flux_bulk      0.104998E+01
subsurface_diffusion   0.596114E-01
phy_implicit_sdh_V2    0.131190E+03  (2.19 minutes)
bucket_model           0.182055E+00
phy_implicit_utils     0.110357E+00
rad_utils              0.242086E+01
intg_surftemp          0.305228E-01
dynamics_hspl_vas83    0.225401E+03  (3.76 minutes)
mass_fixer             0.199517E+02
relaxed_arakawa_schu   0.151930E+03  (2.53 minutes)
lscond                 0.298036E+01
dry_conv_adjust        0.237025E+01
timefilter_williams2   0.291177E+01
check_prog_vars        0.710753E+00
others                 0.529257E+01
------------------------------------------------
       TOTAL TIME =    0.110607E+04  (18.43 minutes)

• 並列数: 4 プロセス x 1 スレッド
  • 実行時間: 15:18
  • タイマー結果

####### CPU TIME SUMMARY #### [rank=000000] ####
surface_properties     0.159358E+00
auxiliary              0.190792E+01
set_gcmr               0.129730E+00
set_o3                 0.199019E+01
rad_Earth_SW_V2_1      0.292100E+03  (4.87 minutes)
set_solarconst         0.319624E-03
rad_Earth_LW_V2_4      0.194510E+03  (3.24 minutes)
vdiffusion_my1974      0.267031E+01
surface_flux_bulk      0.770003E+00
subsurface_diffusion   0.997869E-02
phy_implicit_sdh_V2    0.106010E+03  (1.77 minutes)
bucket_model           0.994941E-01
phy_implicit_utils     0.703593E-01
rad_utils              0.155034E+01
intg_surftemp          0.199282E-01
dynamics_hspl_vas83    0.144780E+03  (2.41 minutes)
mass_fixer             0.176301E+02
relaxed_arakawa_schu   0.141520E+03  (2.36 minutes)
lscond                 0.215981E+01
dry_conv_adjust        0.231018E+01
timefilter_williams2   0.211956E+01
check_prog_vars        0.369733E+00
others                 0.178269E+01
------------------------------------------------
       TOTAL TIME =    0.914670E+03  (15.24 minutes)

dcmodel Development Group / GFD Dennou Staff
Last Updated: 2013/06/04, Since: 2013/12/17