2011 年 06 月 14 日現在, 以下の環境での動作が確認されています.
deepconv/arare をインストールと実行には以下のソフトウェアを事前にインストール しておく必要があります.
deepconv/arare のドキュメントは, 数理モデルと離散モデル解説は LaTex, コードリファレンスは RD, RDOC (Ruby Document) を用いて記述されています.
これらのドキュメントはソースツリー内ではコンパイル済となっていますが, ドキュメントの再コンパイルを行うためには, 以下のソフトウェアが必要です.
Debian GNU/Linux を使用する場合, 以下のバイナリパッケージが必要となります.
wget などでソースを入手
$ wget http://www.gfd-dennou.org/library/deepconv/arare/arare5_current.tgz
$ tar -xzvf arare5_current.tgz $ cd arare5-YYYYMMDD
コンパイラを指定する.
$ export FC=(コンパイラ名)
例えば g95 の場合,
$ export FC=g95
とする. 並列計算を行いたい場合には
$ export FC=mpif90
とする.
ソースを展開後, configure を実行して Mkinclude ファイルを作成する.
$ ./configure \ --with-netcdf=(netCDF ライブラリファイルの絶対パス) \ --with-gtool5=(gtool5 ライブラリファイルの絶対パス) \ --with-lapack=(LAPACK ライブラリファイルの絶対パス) \ --with-blas=(BLAS ライブラリファイルの絶対パス)
例えば Debian パッケージを利用している場合,
$ ./configure \ --with-netcdf=/usr/lib/libnetcdf-g95.a \ --with-gtool5=/usr/lib/gtool5-g95/lib/libgtool5.a \ --with-lapack=/usr/lib/liblapack-g95.a \ --with-blas=/usr/lib/libblas-g95.a
とすれば良い.
並列計算を行う場合には, gtool5 を mpif90 でコンパイルしておく.
作成した Mkinclude の各マクロを確認し, インストール先の環境にあわせて 適宜編集する.
mpi を利用する場合は, CPPFLAGS=LIB_MPI とすること.
コンパイルは GNU make を用いて行う.
ソースツリー直下で
$ make
を実行するとソース直下の以下のディレクトリに実行ファイルとライブラリ, モジュールファイルが展開される.
./lib ライブラリ libarare.a が格納される ./bin 実行ファイルが格納される ./include 各種 *.mod ファイルが格納される
bin 以下には次の実行ファイルが格納される.
arare 3 次元雲対流モデル arare_init-data 初期値ファイル作成用実行ファイル
$ make doc
src ディレクトリ以下のオブジェクトファイル, 実行ファイルの消去は
$ make clean
とする.
数理モデル解説と離散モデル解説, インストールの手引, 利用の手引とコードリファレンスの消去は
$ make clean.doc
とする.
$ make clean.all
とすると, 上記のすべてと Mkinclude ファイルが消去される.
COPYRIGHT ライセンス
INSTALL インストール手引き
Makefile Makefile
Mkinclude Makefile 用 include ファイル (configure から生成)
bin/ 実行ファイル格納ディレクトリ (コンパイル時に作成)
css/ スタイルシート格納ディレクトリ
doc/ ドキュメント格納ディレクトリ
dai1bu/ 数理モデル解説格納ディレクトリ
dai2bu/ 離散モデル解説格納ディレクトリ
code_reference/ コードリファレンス格納ディレクトリ
tutorial/ チュートリアル
include/ モジュール格納ディレクトリ (コンパイル時に作成)
lib/ ライブラリ格納ディレクトリ (コンパイル時に作成)
src/ ソースコード格納ディレクトリ
Makefile Makefile
chemdat/ 化学種の指定および物性値の設定と計算
dynamics/ 力学過程
env/ 基本場と擾乱場の初期条件を設定
io/ 入出力
main/ 主プログラム, 乱数生成, 診断量の計算
physics/ 物理過程
setup/ 初期化
util/ 平均微分演算, 境界条件等を計算する下請け計算
sample_nml/ 設定ファイルのサンプル
scripts/ 解析や絵を描くのに使うツール群
