新しいインターフェースのエラーの取り扱い方はNetCDF-2の方法とは異なる。 NetCDF-2のインターフェースでは、エラーが検知された時のデフォルト動作はエラーメッセージを出力してexitすることであった。エラーの取り扱いをコントロールするには、 グローバル変数ncoptsにフラグビットを設定しなければならず、エラーの原因を究明する為に、 別のグローバル変数 ncerr 値をテストしなければならなかった。
新しいインターフェースにおいては、 関数が返す整数状態は成功/失敗のみではなく、エラーの原因をもしめす。 グローバル変数 ncerr と ncopt は 削除されました。ライブラリは何かを出力したり、 exit を呼び出そうとすることはありません。（ただし、NetCDF-2互換の関数を使用している場合はこの限りではありません。）関数の返された状態を確認し、手動で行なわなければなりません。平行した（マルチプロセッサ）実行をきれいサポートするために、又、NetCDFが使用される環境についての仮定条件を減らすために、これらのグローバルは削除されました。 新しい動作は、独自のGUIインターフェースを持つアプリケーション中で、NetCDFを隠された階層として使用するのにより適したサポートを提供しているはずです。