ネットワーク透過性（マシン独立性）を達成するために、NetCDFはデータの表現・コード化のための標準プロトコルであるXDR（eXternal Data Representation； ftp://ds.internic.net/rfc/rfc1832.txt参照 ） に似た外部表現機能を利用します。この表現機能はデータをマシン独立型のビット列へとコード化します。 これは8ビットのバイトのみが一貫してコード化されるという前提のみにて、多種類のコンピューター上で既に実装されています。 IEEE 754 浮動小数点標準プロトコルが浮動小数点のデータを表現するのに使用されています。
NetCDFファイルののおおまかな構造の説明は9 - NetCDFファイルの構造と性能にあります。
ファイル形式の詳細については Appendix A - ファイルフォーマット仕様を参照してください。ただし、ファイル形式を指定した形でNetCDFファイルを読み取り・作成する独自の低レベルソフトウェアを開発することは好ましくありません。後に、フォーマットが更新された時に互換性に問題が生じる危険性があります。