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[dennou-ruby:003270] Re: ruby-hdfeos5

To: dennou-ruby@xxxxxxxxxxx
Subject: [dennou-ruby:003270] Re: ruby-hdfeos5
From: Takeshi Horinouchi <horinout@xxxxxxxxxxxxxxxxx>
Date: Fri, 18 Feb 2011 17:26:09 +0900
堀之内です．

test_pt.rb のエラーメッセージ，再現しました．
中身を調べてみたのですが，どうもこれはお行儀が悪いというだけで，
動作は正常でした．とある検査を行った結果に応じてやることを変えてる
（実際には追加的にやることがあるかどうか決めてる）のですが，
その検査において追加の必要がない場合にエラーメッセージが出て
しまいます．

ここからは推測です（私がコーディングしたのではないので）．
上記のような話なら，本来は違う検査をすべきなんですが，
HDF EOS5というのは出来が悪くて，そういう検査がしばしばでき
ないようになってますので，もともと無理かもしれません．

ということでこのままでよいでしょうか．正常動作なのに
標準エラー出力にメッセージが吐き出されるのは気持ちは
悪いですが．出すのはラッパー側でなく，HDF-EOS5 内なので．

> 乙部です
> 
> とりあえず、書き間違いで
> test_gd.rb ではなく
> test_pt.rb で出るようです。
> 
> > 
> > 超亀レス．test/test_gd.rb のエラーですが，こちらでは
> > でません．HDF-EOS のバージョンは同じ 5.1.12なんですが．
> > 
> > エラーメッセージはトレースバックになってないから
> > 状況がわからんです．うーんどうしようかな．
> > 
> >> 堀之内さま:
> >>
> >> 神代です.
> >>
> >> こちらこそ反応遅くてすみません.
> >>
> >> はい, テストプログラムのエラーについては解決してないので, いずれ調べな
> >> いといけませんが, 1.9.2 対応ということでは OK ですので, まずは現状でリ
> >> リースするのがいいかと思います.
> >>
> >> At Tue, 01 Feb 2011 10:26:05 +0900,
> >> Takeshi Horinouchi wrote:
> >>>
> >>> 神代さま
> >>>
> >>> 亀レスすみません．対応有難うございました．
> >>> 現状で fix してリリースするのがいいですかね．
> >>> 私の方は ruby 1.9.2 が使える環境にないですが．
> >>>
> >>>> 神代です.
> >>>>
> >>>> とりあえず, Ruby 1.9.2 対応として,
> >>>>
> >>>> ・STR2CSTR ->  StringValueCStr
> >>>> ・Check_SafeStr ->  SafeStringValue (こちらはまだ warning ですが)
> >>>>
> >>>> の変更をして CVS にコミットしました.
> >>>> 具体的には, 添付のパッチのとおりです.
> >>>>
> >>>> テストプログラムのエラーは解決してません.
> >>>> また, make 時に他にまだいくつか warning が出ています.
> >>>>
> >>>> warning でちょっと気になったのは,
> >>>>
> >>>> In file included from /usr/local/ruby-1.9.2/include/ruby-1.9.1/ruby.h:32,
> >>>>                   from hdfeos5_chkdatatype.c:4:
> >>>> /usr/local/ruby-1.9.2/include/ruby-1.9.1/ruby/ruby.h:876:1: warning: "RSTRING" r
> >>>> edefined
> >>>> In file included from /home/tkoshiro/linux/include/HE5_HdfEosDef.h:34,
> >>>>                   from hdfeos5_chkdatatype.c:3:
> >>>> /home/tkoshiro/linux/include/cfortHdf.h:1551:1: warning: this is the location of
> >>>>   the previous definition
> >>>>
> >>>> というもので, RSTRING の定義が衝突しているみたいなんですが, これは,
> >>>> cfortHdf.h の RSTRING は使われてなくて, ruby.h のほうがあとで include
> >>>> されているので, 特に問題ないんですよね, たぶん.
> >>>>
> >>>>
> >>>>> 佐々木さん:
> >>>>>
> >>>>> 神代です.
> >>>>>
> >>>>> ruby-hdfeos5 も ruby 1.9.2 対応の変更が必要です.
> >>>>> またのちほど報告します.
> >>>>> ruby-netcdf のテストプログラムの問題もテストしてみます.
> >>>>>
> >>>>> At Tue, 14 Dec 2010 09:31:17 +0900,
> >>>>> Youhei SASAKI wrote:
> >>>>>>
> >>>>>> 西本様: 佐々木です.
> >>>>>>
> >>>>>> ご連絡ありがとうございます.
> >>>>>>
> >>>>>> At Tue, 14 Dec 2010 09:14:53 +0900,
> >>>>>> 西本絵梨子<eriko@xxxxxxxxxxxxxx>  wrote:
> >>>>>>> 解決策ではないのですが, 動作報告です. わたしの手元では2つの環境で
> >>>>>>> ruby-hdfeos5を使っています. どちらの環境でも test/ 以下のサンプルプログ
> >>>>>>> ラム test_gd.rb test_sw.rb test_za.rb は問題なく動きます. ただ,
> >>>>>>> test_pt.rb だけはどちらでも, 佐々木さんと同じようなエラーが出ます.
> >>>>>>
> >>>>>> あ, すみません. こちらも test_pt.rb の間違いでした.
> >>>>>>
> >>>>>>> その2)
> >>>>>>> ruby 1.8.7 (2010-08-16 patchlevel 302) [x86_64-linux]
> >>>>>>> libhdf5-serial-1.8.4                 1.8.4-patch1-2
> >>>>>>> libhdf5-serial-dev                   1.8.4-patch1-2
> >>>>>>> libhe5-hdfeos-dev                    5.1.12.dfsg.2-2+b1
> >>>>>>> libhe5-hdfeos0                       5.1.12.dfsg.2-2+b1
> >>>>>>
> >>>>>> これは Debian(Ubuntu?) ですね. こちらでも ruby1.8 の場合に同じエラーが出
> >>>>>> ました.
> >>>>>>
> >>>>>>> At Tue, 14 Dec 2010 04:32:11 +0900,
> >>>>>>> Youhei SASAKI<uwabami@xxxxxxxxxxxxxx>  wrote:
> >>>>>>>>
> >>>>>>>> 堀之内様, 神代様
> >>>>>>>> 佐々木です.
> >>>>>>>>
> >>>>>>>> # 古い話で恐縮ですが...
> >>>>>>>>
> >>>>>>>> (佐々木の作業が進まず)頓挫していた ruby-hdfeos5 を Debian 公式に upload
> >>>>>>>> する作業についての進捗とご質問(というかエラー報告?)です.
> >>>>>>>>
> >>>>>>>> 残念ながら, 時期安定版には ruby-netcdf も ruby-hdfeos5 も入りません/間に
> >>>>>>>> 合いませんでした. 遅々として進めていこうと思います. それはそれとして,
> >>>>>>>>
> >>>>>>>> ruby-hdfeos5 のパッケージ作成時に test/ 以下の ruby スクリプトを実行して
> >>>>>>>> いるのですが test/test_gd.rb に関して, 以下のエラー? が出ます.
> >>>>>>>> %----
> >>>>>>>> HDF5-DIAG: Error detected in HDF5 (1.8.4-patch1) thread 47033328338144:
> >>>>>>>>    #000: PTapi.c line 5723 in HE5_PTfwdlinkinfo(): No Forward Linkage Defined between levels: 1 and 2.
> >>>>>>>>
> >>>>>>>>      major: Low-level I/O
> >>>>>>>>      minor: Seek failed
> >>>>>>>> HDF5-DIAG: Error detected in HDF5 (1.8.4-patch1) thread 47033328338144:
> >>>>>>>>    #000: PTapi.c line 5648 in HE5_PTbcklinkinfo(): No Back Linkage Defined between levels: 0 and -1.
> >>>>>>>>
> >>>>>>>>      major: Low-level I/O
> >>>>>>>>      minor: Seek failed
> >>>>>>>> HDF5-DIAG: Error detected in HDF5 (1.8.4-patch1) thread 47033328338144:
> >>>>>>>>    #000: PTapi.c line 5723 in HE5_PTfwdlinkinfo(): No Forward Linkage Defined between levels: 0 and 1.
> >>>>>>>>
> >>>>>>>>      major: Low-level I/O
> >>>>>>>>      minor: Seek failed
> >>>>>>>> HDF5-DIAG: Error detected in HDF5 (1.8.4-patch1) thread 47033328338144:
> >>>>>>>>    #000: PTapi.c line 5723 in HE5_PTfwdlinkinfo(): No Forward Linkage Defined between levels: 0 and 1.
> >>>>>>>>
> >>>>>>>>      major: Low-level I/O
> >>>>>>>>      minor: Seek failed
> >>>>>>>> %----
> >>>>>>>>
> >>>>>>>> これは佐々木の環境だけでしょうか?  用いているパッケージのバージョンは以下
> >>>>>>>> の通りです.
> >>>>>>>>
> >>>>>>>>    - ruby 1.9.2p0 (2010-08-18 revision 29036) [x86_64-linux]
> >>>>>>>>    - libhdf5-serial-1.8.4, 1.8.4-patch1-2
> >>>>>>>>    - libhe5-hdfeos-dev, 5.1.12.dfsg.2-2+b1
> >>>>>>>>
> >>>>>>>> 他に必要な情報があれば教えて下さい.
> >>>>>>>>
> >>>>>>>> At Sat, 03 Apr 2010 07:07:22 +0900,
> >>>>>>>> KOSHIRO Tsuyoshi<koshiro@xxxxxxxxxxxxxx>  wrote:
> >>>>>>>>> また, HDF5 と HDF-EOS5 は必ずしも同じ場所にインストールしてあるとは限
> >>>>>>>>> らないので(実際に手元でそういう環境がありました), チェックを分けました.
> >>>>>>>>>
> >>>>>>>>> At Wed, 17 Feb 2010 17:51:40 +0900,
> >>>>>>>>> Takeshi Horinouchi wrote:
> >>>>>>>>>>
> >>>>>>>>>> 堀之内です．
> >>>>>>>>>>
> >>>>>>>>>> 大変遅くなってしまってすみませんが，hdfeos5のrubyラッパーを
> >>>>>>>>>> リリースしました．バージョンは最初から 1.0 としました：
> >>>>>>>>>> http://ruby.gfd-dennou.org/products/ruby-hdfeos5/
> >>>>>>>>>>
> >>>>>>>>>> このページにも書きましたが，HDF-EOS5 のほうは，configure 時に
> >>>>>>>>>> --with-pic をつけてコンパイルするといいようです．試したのは
> >>>>>>>>>> ruby 1.8.7, gcc 4.3.2 です．
> >>>>>>>>>>
> >>>>>>>>>> HDF-EOS5 のほうもパッケージ化していただけますと，とても
> >>>>>>>>>> 嬉しいです．＞ 皆さま （いつもすみません．）
> >>>>>>
> >>>>>> ---
> >>>>>> Youhei SASAKI<uwabami@xxxxxxxxxxxxxx>
> >>>>>>                <uwabami@xxxxxxxxxxxxxxxxxx>
> >>>>>> Department of Mathematics, Kyoto University
> >>>>>> GPG fingerprint:
> >>>>>>    4096/RSA: 66A4 EA70 4FE2 4055 8D6A C2E6 9394 F354 891D 7E07
> >>>>>>
> >>>>>
> >>>>
> >>>
> >>> 堀之内 武
> >>> 北海道大学 地球環境科学研究院 地球圏科学部門
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> 福岡大学 理学部 地球圏科学教室
> Otobe,Naohito (E-Mail:otobe@xxxxxxxxxxxxxx)
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堀之内 武
北海道大学 地球環境科学研究院 地球圏科学部門
〒060-0810 札幌市北区北10条西5丁目
References:
- [dennou-ruby:003268] Re: ruby-hdfeos5
  - From: Takeshi Horinouchi
- [dennou-ruby:003269] Re: ruby-hdfeos5
  - From: OTOBE, Naohito
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