CCSR/NIES AGCM 5.6 を京大 KDK で利用する方法に関するメモ

ホスト情報
資源
資源の移動
1. 資源の展開
2. 環境変数の設定 (~/.cshrc ファイルの編集)
3. $AGCMDIR/Mkinclude の編集
4. $AGCMDIR/src/sysdep/Makedef.Sun の編集
5. $AGCMDIR/src/Makefile の修正 (KDK ではやってはダメ!!!)
6. $AGCMDIR/src/runtype/single/Mkinclude の修正
7. $AGCMDIR/src/runtype/parallel/Mkinclude の修正
8. $AGCMDIR/src/physics/Makefile の修正
9. $AGCMDIR/src/runtype/parallel/xisetp.F の修正
10. $AGCMDIR/src/proj/$PROJECT/Mkinclude の編集
11. ライブラリの作成
12. 実行コマンドの作成
13. $AGCMDIR/util のライブラリ作成
14. agcm5.t42ml20cstd.parallel のライブラリ作成
15. 実行用シェルスクリプトの編集
16. 初期値作成
17. 積分実行
18. 積分実行中のログの確認
19. 積分データの格納
20A. 積分データの図示方法 (gtool3 -> grads 形式 -> GrADS)
20B. 積分データの図示方法 (gtool3 -> NetCDF 形式 -> GPhys)
20C. 積分データの図示方法 (gtool を使って図示)
21. KDK への dcl-5.2 のインストール
22. KDK への gtool3 のインストール

ホスト情報

ホスト名: akdk3.rish.kyoto-u.ac.jp (133.3.8.206)
AKDK は共有型主記憶スカラー並列スーパーコンピューターシステムである.

資源

/data01a/shiogama/AGCM/agcm5.6_new.tar (または /data01d/kubota/AGCM/agcm5.6_new.tar) (AGCM ソースコード)
/data01b/mukou/agcm/agcm5.6.t106.data.tar.gz (T106 境界値データ)
/data01b/mukou/agcm/agcm5.6.BDATA.tar.gz (その他の解像度の境界値データ)
/data01b/mukou/agcm/agcm5.6.aerosol.data.tar.gz (エアロゾル濃度データ)

資源の移動

% scp (資源のファイル名) dpac@akdk3.rish.kyoto-u.ac.jp:~/

1. 資源の展開

(1) ソース展開場所の作成

% cd
% mkdir ccsr-nies-agcm

(2) ソースの展開

% mv agcm5.6_new.tar ccsr-nies-agcm/
% cd ccsr-nies-agcm/
% tar xvf agcm5.6_new.tar

(3) 境界値データの展開

% mv ~/agcm5.6.BDATA.tar.gz ~/ccsr-nies-agcm/agcm5.6/data/
% mv ~/agcm5.6.t106.data.tar.gz ~/ccsr-nies-agcm/agcm5.6/data/
% cd ~/ccsr-nies-agcm/agcm5.6/data/
% zcat agcm5.6.t106.data.tar.gz | tar xvf -
% zcat agcm5.6.BDATA.tar.gz | tar xvf -

(4) エアロゾルデータの展開

% cd $AGCMDIR
% mv ~/agcm5.6.aerosol.data.tar.gz $AGCMDIR
% zcat agcm5.6.aerosol.data.tar.gz | tar xvf -

2. 環境変数の設定 (~/.cshrc ファイルの編集)

agcm5.6 資源を展開したディレクトリをシェルの環境変数に設定しておく
また, コンパイルメッセージの日本語表示を可能にしておく
- 以下の行を .cshrc ファイルに追記すれば良い

setenv AGCMDIR /home/user/dpac/ccsr-nies-agcm/agcm5.6
setenv LANG japanese

3. $AGCMDIR/Mkinclude の編集

% cd $AGCMDIR
% cp Mkinclude Mkinclude.org

(1) システムの指定

SYSTEM = Sun

(2) 計算形態の指定 (並列計算を行うか否かの設定)

始めは single を設定して, ライブラリ作成.

RTYPE = single

後に make gcm -> make standard (13. (2))までが終了したら, 以下のように変更して, 再度ライブラリ作成.

RTYPE = parallel

parallel と single の両方のライブラリを作成しておくこと.

(3) プロジェクト名の指定

PROJECT = std (とりあえず, デフォルトのまま)

(4) LIBS の修正

(修正前) LIBS   = $(LINKOPT)-L$(LIBDIR) \
                  $(LINKOPT)-l$(LIBNAMES)

(修正後) LIBS   = $(LINKOPT) -L$(LIBDIR) \
                  $(LINKOPT) -l$(LIBNAMES)

4. $AGCMDIR/src/sysdep/Makedef.Sun の編集

% cd $AGCMDIR/src/sysdep/
% cp Mkdef.Sun Mkdef.Sun.org

(1) MPIR_HOME の修正

(修正前) MPIR_HOME      = /usr/local_local/lib/MPI
(修正後) MPIR_HOME       = /opt/FJSVmpi2

(2) R_SYSLDFLAGS の修正

(修正前) R_SYSLDFLAGS    = $(MPIR_HOME)/lib/libmpe.a
(修正後) R_SYSLDFLAGS    = -Kparallel -Kfast_GP2=3,prefetch=4 -Knolargepage,V9 -Khardbarrier -X9

並列用リンカのフラグの意味:

-Kparallel		自動並列化を有効にする
-Kfast_GP2=3,prefetch=4	SPARC64 V 向け最適化のオプションセット
-Klargepage=2, V9	Parallelnavi ラージページ機能を使用する
-Knolargepage		Parallelnavi ラージページ機能を使用しない
-Khardbarrier		スレッド並列をする場合, 同期処理を高速にする

「ラージページ機能を使用する」にすると, 実行がうまくいかない.
実行時にプロファイルを取る場合は, 以下のように修正:

(修正後) R_SYSLDFLAGS    = -Ktl_trt -Kparallel -Kfast_GP2=3,prefetch=4 -Knolargepage,V9 -Khardbarrier

実行時にプロファイルを取る場合のオプション

-Ktl_trt

(3) R_FC, R_LD の修正

(修正前) R_FC            = $(MPIR_HOME)/bin/mpif77 -mpilog -lm 
(修正前) R_LD            = $(MPIR_HOME)/bin/mpif77 -mpilog -lm

(修正後) R_FC            = $(MPIR_HOME)/bin/mpifrt -mpilog -lm -KV9
(修正後) R_LD            = $(MPIR_HOME)/bin/mpifrt -mpilog -lm -KV9

64bitアドレッシングモードで翻訳/結合編集するためのオプション.

-KV9

配列サイズが大きく, 1プロセスあたりのメモリ空間が2GBを越える場合には, 64bit アドレッシングモードでの翻訳／結合編集が必要.

(4) S_INCDIR の修正

(修正前) S_INCDIR       =
(修正後) S_INCDIR       = /usr/include

(5) S_SYSLDFLAGS の修正

(修正前) S_SYSLDFLAGS    = 
(修正後) S_SYSLDFLAGS    = -Kparallel -Kfast_GP2=3,prefetch=4 -Knolargepage,V9 -Khardbarrier -X9

シングル用リンカのフラグの意味:

-Kparallel		自動並列化を有効にする
-Kfast_GP2=3,prefetch=4 SPARC64 V向け最適化のオプションセット
-Klargepage=2, V9 	Parallelnavi ラージページ機能を使用する
-Knolargepage		Parallelnavi ラージページ機能を使用しない
-Khardbarrier		スレッド並列をする場合, 同期処理を高速にする

「ラージページ機能を使用する」にすると, 実行がうまくいかない.
実行時にプロファイルを取る場合は, 以下のように修正:

(修正後) S_SYSLDFLAGS    =  -Ktl_trt -Kparallel -Kfast_GP2=3,prefetch=4 -Knolargepage,V9 -Khardbarrier -X9

実行時にプロファイルを取る場合のオプション

-Ktl_trt

(6) S_FC, S_LD の修正

(修正前) S_FC            = f77
(修正前) S_LD            = f77

(修正後) S_FC            = frt
(修正後) S_LD            = frt

(7) SYSFFLAGS の修正

(修正前) SYSFFLAGS      = -O -u
(修正後) SYSFFLAGS      = -O

(8) SYSCFLAGS の修正

(修正前) SYSCFLAGS       = -DX_WCHAR
(修正後) SYSCFLAGS       = -Kparallel -Kfast_GP2=3 -Knolargepage,V9 -Khardbarrier -X9 -Wp,-DX_WCHAR

C用のフラグの意味:

-Kparallel		自動並列化を有効にする
-Kfast_GP2=3,prefetch=4	SPARC64 V向け最適化のオプションセット
-Klargepage=2, V9	Parallelnaviラージページ機能を使用する
-Knolargepage		Parallelnavi ラージページ機能を使用しない
-Khardbarrier		スレッド並列をする場合, 同期処理を高速にする
-Wp,-DX_WCHAR		X_WCHARというマクロを渡す

「ラージページ機能を使用する」にすると, 実行がうまくいかない.
実行時にプロファイルを取る場合は, 以下のように修正:

(修正後) SYSCFLAGS = -Ktl_trt -Kparallel -Kfast_GP2=3,prefetch=4 -Knolargepage,V9 -Khardbarrier -X9 -Wp,-DX_WCHAR

実行時にプロファイルを取る場合のオプション

-Ktl_trt

(9) SYSCPPFLAGS の修正

(修正前) SYSCPPFLAGS     = -DSYS_Sun -DSYS_UNIX -DCODE_ASCII -DCODE_IEEE
(修正後) SYSCPPFLAGS     = -Kparallel -Kfast_GP2=3,prefetch=4 -Knolargepage,V9 -Khardbarrier -X9 -Wp,-DSYS_Sun \
                           -Wp,-DSYS_UNIX -Wp,-DCODE_ASCII -Wp,-DCODE_IEEE

CPP 用のフラグの意味:

-Kparallel		自動並列化を有効にする
-Kfast_GP2=3,prefetch=4	SPARC64 V向け最適化のオプションセット
-Klargepage=2, V9 	Parallelnaviラージページ機能を使用する
-Knolargepage		Parallelnavi ラージページ機能を使用しない
-Khardbarrier		スレッド並列をする場合, 同期処理を高速にする
-Wp,-D			マクロを渡す

「ラージページ機能を使用する」にすると, 実行がうまくいかない.
実行時にプロファイルを取る場合は, 以下のように修正:

(修正後) SYSCPPFLAGS      = -Ktl_trt -Kparallel -Kfast_GP2=3,prefetch=4 -Knolargepage,V9 -Khardbarrier \ 
                            -X9 -Wp,-DSYS_Sun -Wp,-DSYS_UNIX -Wp,-DCODE_ASCII -Wp,-DCODE_IEEE

実行時にプロファイルを取る場合のオプション

-Ktl_trt

(10) SYSAUTODBL の修正

(修正前) SYSAUTODBL     = -r8
(修正後) SYSAUTODBL     =

(11) SYSDEBUG の修正

(修正前) SYSDEBUG       = -g
(修正後) SYSDEBUG       =

(12) SYSCHECK の修正

(修正前) SYSCHECK       = -C
(修正後) SYSCHECK       =

(13) LINKOPT の修正

(修正前) LINKOPT         =
(修正後) LINKOPT         = -Kparallel -Kfast_GP2=3,prefetch=4 -Knolargepage,V9 -Khardbarrier -X9

リンカのフラグの意味:

-Kparallel		自動並列化を有効にする
-Kfast_GP2=3,prefetch=4	SPARC64 V向け最適化のオプションセット
-Klargepage=2, V9	Parallelnaviラージページ機能を使用する
-Knolargepage		Parallelnavi ラージページ機能を使用しない
-Khardbarrier		スレッド並列をする場合, 同期処理を高速にする

「ラージページ機能を使用する」にすると, 実行がうまくいかない.
実行時にプロファイルを取る場合は, 以下のように修正:

(修正後) LINKOPT         = -Ktl_trt -Kparallel   -Kfast_GP2=3,prefetch=4 -Knolargepage,V9 -Khardbarrier -X9

実行時にプロファイルを取る場合のオプション

-Ktl_trt

(14) MAKE の修正

(修正前) # MAKE          = make
(修正後) MAKE            = /usr/ccs/bin/make

(15) CC の修正

(修正前) CC              = cc
(修正後) CC              = mpic99 -KV9

64bitアドレッシングモードで翻訳/結合編集するためのオプション.

-KV9

配列サイズが大きく, 1プロセスあたりのメモリ空間が2GBを越える場合には, 64bit アドレッシングモードでの翻訳／結合編集が必要.
実行時にプロファイルを取る場合は, 以下のように修正:

(修正後) CC              = mpic99 -Ktl_trt  -Kline -KV9

実行時にプロファイルを取る場合のオプション

-Ktl_trt

ソースのオンライン展開を行う場合のオプション

-Kline

(16) CPP の修正

(修正前) CPP             = cpp -P
(修正後) CPP             = mpiFCC -KV9

64bitアドレッシングモードで翻訳/結合編集するためのオプション.

-KV9

配列サイズが大きく, 1プロセスあたりのメモリ空間が2GBを越える場合には, 64bit アドレッシングモードでの翻訳／結合編集が必要.
実行時にプロファイルを取る場合は, 以下のように修正:

(修正後) CPP             = mpiFCC -Ktl_trt -Kline -KV9

実行時にプロファイルを取る場合のオプション

-Ktl_trt

ソースのオンライン展開を行う場合のオプション

-Kline

(17) SYSXLIBDIR の修正

(修正前) SYSXLIBDIR      = /usr/X11R5/lib
(修正後) SYSXLIBDIR      = /usr/X/lib

5. $AGCMDIR/src/Makefile の修正 (KDK ではやってはダメ!!!)

$(GCM):         includes nonstdlib speciallib $(MAIN) $(SYSLIBY)
     $(LD) $(LDFLAGS) $(OBJS) $(NONSTDS) $(LIBRARY) $(SYSLIBY) $(SYSLIB) -o $@

部分を

$(GCM):         includes nonstdlib speciallib $(MAIN) $(SYSLIBY)
     $(LD) -o $(LDFLAGS) $(OBJS) $(NONSTDS) $(LIBRARY) $(SYSLIBY) $(SYSLIB) $@

と修正.

京大大計 VPP では, この作業が必要になる.

6. $AGCMDIR/src/runtype/single/Mkinclude の修正

F77 = $(FC)


(修正前) ROPT            = -DOPT_NONPARALLEL
(修正後) ROPT            = -Wp,-DOPT_NONPARALLEL

7. $AGCMDIR/src/runtype/parallel/Mkinclude の修正

F77 = $(FC)

8. $AGCMDIR/src/physics/Makefile の修正

(修正前) FFLAGS = $(STDFFLAGS) -I$(INCDIR) -I$(MPIINCDIR) -DOPT_MSTRN8
(修正後) FFLAGS = $(STDFFLAGS) -I$(INCDIR) -I$(MPIINCDIR) -Wp,-DOPT_MSTRN8

(修正前) CPPFLAGS = $(STDCPPFLAGS) $(CPPOPT)-I$(INCDIR) $(CPPOPT)-I$(MPIINCDIR) $(CPPOPT)-DOPT_MSTRN8
(修正後) CPPFLAGS = $(STDCPPFLAGS) $(CPPOPT)-I$(INCDIR) $(CPPOPT)-I$(MPIINCDIR) $(CPPOPT)-Wp,-DOPT_MSTRN8

9. $AGCMDIR/src/runtype/parallel/xisetp.F の修正

以下のサブルーチン中の ***** 部分を追加する

SUBROUTINE PARA_TYPE_BLOCK !! make new block data type 
...
...
CALL MPI_TYPE_VECTOR( JLEN , ILEN , IMAX-IMIN+1 ,
$     IOLDTYPE , ITEMP , IERR )
*************************************************************
CALL MPI_TYPE_COMMIT( ITEMP , IERR )
*************************************************************
*
      NCOUNT      = 3
      IBLOCK( 1 ) = 1
...
...

10. $AGCMDIR/src/proj/$PROJECT/Mkinclude の編集

最初は以下のような設定にした:

(1) 水平分解能

HRESOLUTION     = t42

鉛直分解能

VRESOLUTION     = l20c

(3) 地表鉛直分解能

GRESOLUTION     = g31c

(4) Compilig Options

(修正前) OPTIONS         = -DOPT_DEBUG
(修正後) OPTIONS         = -Wp,-DOPT_DEBUG

その他は, デフォルトのまま.

11. ライブラリの作成

% cd $AGCMDIR/src/
% make clean
% make dirs
% make lib >& make.parallel.log

(または, % make lib >& make.single.log)

12. 実行コマンドの作成

(1) 実行コマンドの作成

% cd $AGCMDIR/src/
% make gcm

(2) 実行ファイルが生成されたことを確認

% ls $AGCMDIR/bin/Sun/

agcm5.t42ml20cstd.single

13. $AGCMDIR/util のライブラリ作成

(1) Makefile の書き換え

% cd $AGCMDIR/util/

(修正前) CPPFLAGS       = $(STDCPPFLAGS) $(CPPOPT)-Iinclude
(修正後) CPPFLAGS       = $(STDCPPFLAGS) $(CPPOPT) -Iinclude

(2) ライブラリ作成

% cd $AGCMDIR/util/
% make standards 
% ls $AGCMDIR/lib/Sun/
libagcm5t42ml20c.parallel.a   libagcm5t42ml20c.single.a     libagcmutil.a

作成したライブラリは libagcmutil.a である. 作成されていることを上記のように確認しておく.

14. agcm5.t42ml20cstd.parallel のライブラリ作成

上記の 3. (RTYPE=parallel とする) ～ 12. までを再度行えばよい.

15. 実行用シェルスクリプトの編集

作成したスクリプトは /home/user/dpac/ccsr-nies-agcm/exec/ 以下に置く. 現在, 以下の 2つのスクリプトが置いてある:

single.sun.csh
parallel.sun.csh

16. 初期値作成

% cd $AGCMDIR/util/init/

(1) INITPRM の編集

(例) 等温静止初期値の作成の場合 (INITPRM の記述を以下のようにした)

&nmout  idate=0,1,1,0,0,0,	: 時刻(年月日時分秒)
        hdset='test01'		: データセット名
&end
&nmrstr file='init',		: 出力ファイル名
        dfmt='UR4'    		: データ形式
&end
&nmiso  t=290., 		: 温度
        q=1.e-10, 		: 比湿
        ps=998.0		: 気圧
&end

% make clean

(2) 初期値作成

% make isoinit
% ./isoinit

※ 上記の make を行う際の注意事項

a) $AGCMDIR/util/init/Makedef.conv 内の解像度の設定を, 
   $AGCMDIR/src/proj/${PROJECT}/Mkinclude 内の解像度の設定と合わせておく

b) $AGCMDIR/Mkinclude 内の RTYPE を, 実行シェルスクリプト内の 
   $RUNNAME (single か parallel)と合わせておく

(3) 作成した初期値を, 積分実行のためのしかるべき場所に移動

% mv -f init (データファイル名) $AGCMDIR/data/init/init_t42l20_std

17. 積分実行

% qrun single.sun.csh

18. 積分実行中のログの確認

積分実行中のログは, $AGCMDIR/out/$RUNNAME 以下の SYSOUT ファイルに記述される

% tail -f $AGCMDIR/out/$RUNNAME/SYSOUT

をしておけば, 積分実行中のログを確認できる.

19. 積分データの格納

積分されたデータ(gtool3 形式)は, $AGCMDIR/out/$RUNNAME 以下に格納される

以下では, データ格納場所を

gtool3 形式のデータ: $AGCMDIR/out/$RUNNAME/gt3
grads  形式のデータ: $AGCMDIR/out/$RUNNAME/grads

として, データ変換と作図方法を記述する

20A. 積分データの図示方法 (gtool3 -> grads 形式 -> GrADS)

gtool3 形式から grads 形式にデータを変換するには, $AGCMDIR/util/trans 以下にある変換フィルター(gt2gr)を用いる.
フィルター gt2gr を使うためのシェルスクリプトは, $AGCMDIR/sh/sample/make_gt2gr を用いる

(1) シェルスクリプト(make_gt2gr)のコピー

% cp $AGCMDIR/sh/sample/make_gt2gr $AGCMDIR/out/$RUNNAME

(2) シェルスクリプト(make_gt2gr)の修正

環境変数の修正

setenv OUTNAM out/para  
setenv DIR $AGCMDIR/$OUTNAM/gt3
setenv DIR $AGCMDIR/$OUTNAM/grads
setenv GTP /usr/local/lib/gt3/GTAXLOC.STDPL17

部分をデータの格納場所に応じて修正する.

NAMELIST パラメタの修正

&nms2p               (σ->p 変換)
  os2p=t		 (t にすると, 変換する)
  filep='$GTP'	 (gtool3 の p 面格子位置情報ファイル名)

...

&nmdata file='hogehoge' 
(この行を入れると, hogehoge という名の grads データが作成される)

(3) $AGCMDIR/out/$RUNNAME/make_gt2gr を実行

% sh ./$AGCMDIR/out/$RUNNAME/make_gt2gr

 * 変換されたデータは, $AGCMDIR/out/$RUNNAME/grads 以下に次のようなファ
   イル名で格納される

   agcm5.6.a.ctl
   agcm5.6.a.grd
   agcm5.6.l.ctl
   agcm5.6.l.grd

(4) $AGCMDIR/out/$RUNNAME/grads 以下のデータを linux PC へ転送する

(5) コントロールファイルの修正

make_gt2gr で作成されたコントロールファイルそのものでは, 正しく grads で図が描けない. 以下のように修正する:

a) DSET の修正

   DSET を, linux 側のデータ格納場所に書き換える

b) OPTIONS の修正

   (修正前) OPTIONS YREV
   (修正後) OPTIONS YREV big_endian

c) YDEF の修正 (T42 の場合)

   (修正前) (ガウシアン緯度が一行で入っている)
    YDEF     64 LEVELS
    -87.8637924 -85.0965195 -82.3129044 -79.5256042 -76.7369003 -73.9475098 -71.1577454 -68.3677521 -65.5776062 -62.7873497 -59.9970131 \
    -57.2066269 -54.4161949 -51.6257286 -48.8352394 -46.0447235 -43.2541924 -40.4636459 -37.6730881 -34.8825188 -32.0919418 -29.3013592 \ 
    -26.5107689 -23.7201729 -20.9295731 -18.1389694 -15.3483629 -12.5577555 -9.76714516 -6.97653341 -4.18592024 -1.39530683 1.39530683 \ 
    4.18592024 6.97653341 9.76714516 12.5577555 15.3483629 18.1389694 20.9295731 23.7201729 26.5107689 29.3013592 32.0919418 34.8825188 \
    37.6730881 40.4636459 43.2541924 46.0447235 48.8352394 51.6257286 54.4161949 57.2066269 59.9970131 62.7873497 65.5776062 68.3677521 \ 
    71.1577454 73.9475098 76.7369003 79.5256042 82.3129044 85.0965195 87.8637924

   (修正後) (小数点以下の精度を減らし, 適当な行で改行する)
    YDEF     64 LEVELS
    -87.86 -85.10 -82.31 -79.52 -76.74 -73.95 -71.16 -68.37 -65.58 -62.79 -60.00 
    -57.21 -54.42 -51.63 -48.84 -46.04 -43.25 -40.46 -37.67 -34.88 -32.09 -29.30 
    -26.51 -23.72 -20.93 -18.14 -15.35 -12.56 -9.77 -6.98 -4.19 -1.40 1.40 4.19 
     6.98 9.77 12.56 15.35 18.14 20.93 23.72 26.51 29.30 32.09 34.88 37.67 40.46 
     43.25 46.04 48.84 51.63 54.42 57.21 60.00 62.79 65.58 68.37 71.16 73.95 
     76.74 79.53 82.31 85.10 87.86

コントロールファイルの例

(6) 後は grads を起動して, 図示すれば OK

20B. 積分データの図示方法 (gtool3 -> NetCDF 形式 -> GPhys)

linux 側に gtool3 データを移動後, ruby スクリプト gt3nc.rb を用いて, gtool3 形式のデータを NetCDF 形式に変換する
gt3nc.rb を実行するには, KDK 側で作成した格子点情報が必要となる. gt3nc.rb を実行前に, KDK 側でしかるべくこれらの情報ファイルを作成し, linux 側に転送しておく
- gt3nc.rb
- GPhys

(1) 格子点情報ファイルの作成

% cd $AGCMDIR/util/bound
% make
% makeaxis

以下の格子点情報ファイルが作成される:

GTAXLOC.CSIG20
GTAXLOC.CSIG20.M
GTAXLOC.GLON128
GTAXLOC.GGLA64
GTAXLOC.WLEVC1
GTAXLOC.WLEVC1.M
GTAXLOC.GLEVC3
GTAXLOC.GLEVC3.M

GTAXWGT.CSIG20
GTAXWGT.CSIG20.M
GTAXWGT.GLON128
GTAXWGT.GGLA64
GTAXWGT.WLEVC1
GTAXWGT.WLEVC1.M
GTAXWGT.GLEVC3
GTAXWGT.GLEVC3.M

(2) $AGCMDIR/out/$RUNNAME/gt3 以下のデータを linux PC へ転送

(3) $AGCMDIR/util/bound 以下の GTAX* データ(格子点情報)を linux PC へ転送

(4) NetCDF データ形式のデータ作成

linux 側の gtool3 形式のファイルのある場所で, 以下のコマンドを実行

% ruby gt3nc.rb (gtool3 データ) (NetCDF データ) axis=(格子点情報ファイルの場所) endian=big

default では, U, V, Z, T だけしか, netcdf データが作成されない. 原因は, 地表面格子点情報ファイル(GTAXLOC.SFC1)が存在しないことにある(AGCM5.6 側で作成しなければならないが, makeaxis で作成されない).
電脳サーバの gtool 資源から, GTAXLOC.SFC1 と GTAXWGT.SFC1 を取得して対処.

(5) 作図

% gpview --mean time --itr=10 u.nc@U,time=7932:8508,sig=0.83 --map coast_world

などコマンドを実行.

20C. 積分データの図示方法 (gtool を使って図示)

linux 側に gtool3 データを移動後, endian 変換
Debian の gtool3 をインストールした場合には, 軸情報ファイルがすべてそろっていないので、単体のソースファイル gtool3.5.981204.tar.bz2 を別途展開し, $GTOOLSRCDIR/lib/gt3 以下にある軸情報ファイルを little_endian に変え, /var/spool/gt3-dcl5 以下に置いておく必要があることに注意(debian の gt3-dcl5 をインストールした場合の置き場)

(1) 軸情報ファイルの endian 変換 (一度だけすれば OK)

% gtfixendian.g77 (ファイル名)

(2) gtool3 形式のデータの endian 変換 (一度だけすれば OK)

% gtfixendian.g77 (ファイル名)

(3) 図示

% gtcont (ファイル名)

などコマンドを実行

21. KDK への dcl-5.2 のインストール

gtool3 との互換性のため dcl-5.2 をインストールする.
インストール先は /home/user/dpac/bin, /home/user/dpac/lib とした
コンパイルオプションに -Knolargepage を付ける必要あり. このオプションがないと "csgi()/isgc()... lpgld.so.1:3021:Not enough space" という(メモリが足らない)エラーが出てコンパイルできない

% tar zxvf dcl-5.2.tar.gz
% cd dcl-5.2
% setenv FC "frt -Knolargepage"
% setenv CC "fcc -Knolargepage"
% ./configure --prefix=/home/user/dpac
% mkdir /home/user/dpac/bin
% mkdir /home/user/dpac/lib
% make
% make install

X ウィンドウの通信が必要な dclclr などのコマンドのテスト等は, dpac から KDK に login した場合だけ可能.

% setenv DISPLAY dpac.dpri.kyoto-u.ac.jp:0.0
% dclclr

など.

22. KDK への gtool3 のインストール

Hiroshi Taniguchi＠ Last Updated: 2007/03/23, Since: 2007/03/13