NetCDF-3のライブラリは新しい命名の慣習に従っており、NetCDfプログラムをより読み易くしようと試みています。例えば、変数名を変更する関数の名前は以前の ncvarrename ではなく nc_rename_var となります。
全てのNetCDF-3 C 関数名は nc_ 接頭辞で始まります。関数名の２番目の部分は動詞のようなもので、 get 、 put 、 inq (問い合わせるのinquire)又は open 等があります。名前の３番目の部分は一般的に動詞の目的語にあたります。例えば、次元、変数、属性を扱う関数では dim 、 var 、 及び att となります。様々な変数のI/O操作を 識別するためには、一文字の修飾子が var に付加されます。
変数名と属性関数の末尾には最終の引数の型を示す部分があります： text 、 uchar 、 schar 、 short 、 int 、 long 、 float 、 そして double です。関数名のこの部分はプログラム中で使用しているデータの格納庫の型を指しています：文字列、 非符号付記号、符号付記号、等です。
更に、全ての公のC インターフェースでは、 マクロ 名は接頭辞 NC_ で始まります。例えば、以前 MAX_NC_NAME であったマクロ は現在、 NC_MAX_NAME であり、以前 FILL_FLOAT であったものは NC_FILL_FLOAT となっています。
既に述べたように、後方互換性を保証するために古い名前は全てサポートされています。