NetCDF-2に対応する関数が存在しない、新しい関数がNetCDF-3には２つある。 nc_inq_libvers と nc_strerror である。現行のNetCDFライブラリは nc_inq_libvers の文字列として返される。NetCDF関数の呼び出しによって返された状態に対応するエラーメッセージは関数 nc_strerror によって記号列として返される。
新しい NC_SHARE フラグはアクセスのデフォルトバッファを防ぐために、 nc_open 又は nc_create 呼び出しで使用できる。 NC_SHARE を使用することによってNetCDFファイルに同時にアクセスすれば、ディスクのアップデートが同期であることを確認するために、アクセスが終了するたび毎に nc_sync を呼び出す必要が無い。従属的なデータ（例えば属性値）への変更にも注意しなければならない。 なぜならば、これらは NC_SHARE フラグを使用しても自動的に伝達されないからである。 このためには、まだ nc_sync 関数が必要である。
2版のインターフェースの問い合わせ関数は一つしかなく、 ncvarinq によって名前、型、変数の形を得ていた。同様に、 次元・属性・NetCDFファイルに関する情報を得る関数も一つしか無かった。 この情報の部分集合が得る場合には、不必要な情報を押さえる為にNULL 引数を与えなければならなかった。新しいインターフェースでは、新たな問い合わせ関数ができ、これらの項目を個別に返す。それによって引数の数え損ねによるエラーが起こりにくくなった。
以前の実装では ncvarput と ncvarget 呼び出し中で 0値のカウント要素が 指定されているとエラーが返された。 この制約がはずされたことによって、 nc_put_var と nc_get_var の一族の関数が0 値のカウント要素を使って呼び出せることになった。これはデータがアクセスされないことを意味し、一見、無意味のように思われるが、0値のカウントを特殊なケースとして扱わなくて良いので、プログラムによっては単純になります。
以前の実装ではncvardef中の変数の形を指定するのに同じ次元を2回以上使用するとエラーが返されました。 自己相関マトリクスなど同じ次元を2度使用することに意味のある良い例があるので、この制約はNetCF-3実装では緩められた。
新しいインターフェースでは、 nc_put_varm と nc_get_varm 族の関数に対する imap 引数の単位は 、望まれる内部データ型のデータ要素の数によって表わされ、NetCDF2版のマップされたアクセスインターフェースのようにバイトでは表わされない。
下記はNetCD-2の関数名と対応するNetCDF-3関数の対応表です。 NetCDF-2関数の引数のリストはNetCDF-2 User's Guideに載っています。