NetCDFを使うことが、即、人間とマシンにとって意味のある「自己記述型」データを作成することと等価ではありません。変数や次元の名前は意味のあるものを用い、存在する慣例に従った形を取るべきです。次元に関しては（意味があると思われる場合には）対応する座標変数も与えるべきです。
属性は従属的な情報を供給する上で大変重要です。関連する慣習に従い、対応する標準属性を使用することが大切です。属性の慣習に一般的なアプリケーションソフトウェアのためのNetCDFライブラリ専用の属性やその慣習が記述されています。
いくつかの団体はNetCDFデータ用に独自のコンベンション（付加的慣例）やスタイルを定義しています。これらの慣習やそれらの利用法に付いてはNetCDF Conventions site, http://www.unidata.ucar.edu/packages/netcdf/conventions.html を参照してください。
上記の慣例は都合の良い場合には使用すべきです。ローカルな使用のためにはしばしば付加的な慣例が必要とされます。このような慣例を敷く場合には、関連分野のユーザの為にも上記の NetCDF conventions siteに掲載しておくことが望ましいです。