異なるデータ構成の性能の含みを明らかにするのに十分なレベルのNetCDFデータの物理的構造の説明に関しては、9 - NetCDFファイルの構造と性能を参照してください。又、ファイルフォーマットについての詳しい仕様については、 Appendix B - ファイルフォーマット仕様を参照してください。
NetCDFデータをアクセスするプログラムは、全てのアクセスを文書化されたインターフェースを通じて行なうべきであり、NetCDFデータの物理的フォーマットに依存するべきではない。そのようにしておけば、将来フォーマットが変更されてもプログラムを変更する必要が生じない。なぜならば、そのような変更は旧バージョン・新バージョン両方のフォーマットをサポートするようにライブラリも変更されるからである。