[dennou-ruby:003056] Re: Fw: 電脳Rubyで2次元gribファイル読み込み

[Seiya Nishizawa <seiya@xxxxxxxxxxxxxx>]

栗田さま

grib 部分を作った西澤と申します。
試してみたいのですが、
PRMSL2004010100.grib
をいただけませんでしょうか。

jra25 のページを探したのですが、
prmslmsl.anlp6h200401
というファイルしか見つかりませんでした　（このファイルは問題なく読めているようです）。

もしよろしければ、
サイズがそれほど大きくなければ(数MB程度)
seiya@xxxxxxxxxxxxxx
に直接送っていただけますでしょうか。
大きければ、別途相談させてください。

すいませんがよろしくお願いいたします。

西澤誠也

2009/3/3 Takeshi Horinouchi <horinout@xxxxxxxxxxxxxxxxx>:
> 堀之内です．
>
> JAMSTECの栗田さん（現在in NY）からこのメールの最後につけた
> メールを貰いました．うっかり返信がおそくなってしまい，さき
> ほどごめんなさいの連絡をしたところ，
>
>  また、試行錯誤した結果、gribからNetCDF変換は、変数登録
>  されているものしかできないという気がしていますが、ソース
>  の解読ができていないので、まだ確信はありません。3次元デ
>  ータでも、何故かジオポテンシャル高度(HGT)を変換しようと
>  すると以下と同様のエラーが出ます。おそらく、NCEP等の
>  変数名にあわせるのかと推察しています。
>
> というフォローも貰いました．（なお，現在は電脳ruby ML
> に再登録ずみなので，このメールは届くと思います．）
>
> 引用の前に，とりあえずの返信を書きます．
> 確かに，grib の場合，登録された変数しか扱えません．
> GRIBの場合，ご存知のように物理量の種類は番号で
> 指定されますが，GRIB標準以外に独自拡張もあったり
> して，Debianパッケージの標準のインストール場所でいえば
> /usr/lib/ruby/1.8/numru/gphys/ に grib_params.rb
> というファイルがあり，その中に対応が定義されてます．
> GRIBライブラリは西澤さんが作ってくれましたが，
> 番号に対する名前は，wgrib からとったのだと思います．
> ruby上で，みたいファイルにどんな名前の変数が入っている
> とみなされるかをみるには，
>
> $ irb
> irb(main):001:0> require "numru/gphys"
> => true
> irb(main):002:0> include NumRu
> => Object
> irb(main):003:0> GPhys::IO.var_names "T.jan.grib"
> => ["TMP"]
>
> などとします．ここまではきっと解読済みですね．
>
> さて，問題のエラー
>
> irb > gphys = GPhys::IO.open( PRMSL2004010100.grib,"PRMSL" )
>
> /usr/lib/ruby/1.8/numru/gphys/grid.rb:213:in `initialize': each
> argument must be an Axis (ArgumentError)
>        from /usr/lib/ruby/1.8/numru/gphys/grid.rb:209:in `each'
>        from /usr/lib/ruby/1.8/numru/gphys/grid.rb:209:in `initialize'
>        from prs_grib2nc.rb:78:in `new'
>        from prs_grib2nc.rb:78
>
> ですが，座標軸ででてるので，上に書いたような問題では
> ありませんね．実際，MSL という変数名は登録済みですし．
>
> もしかしたら，Ruby の GRIB ライブラリで扱えないタイプの
> 座標系だったりしないでしょうか．確か緯度経度座標にしか
> 対応してなかったと思いますので，地図投影座標や
> international exchange grid (極近くほど格子点が
> 間引かれる) だったり，すると扱えないことになります．
> その場合，残念ながら，根本的な対応をしないと
> 扱えないということになりますが，さて，実際はどうでしょうか．
>
> 後半のほうは，プログラムをまだ読んでないので，またあらためて
> ということで．
>
> ===========================================================
> 堀之内様
>
> さて、本日は、電脳Rubyに関してお伺いしたいことがあり
> メールいたしました。本来なら、MLに投稿すべきなのです
> が、米国から投稿しているためか、何故か登録を受け付けて
> もらえませんでしたので、直接メールさせて頂きます。
>
> 【動機】
> これまで観測データ(text)とGCMを使って仕事をしており
> 客観解析データもgtool形式に直して仕事しておりました。
> しかし、最近、諸般の事情でNetCDFのデータを大量に扱
> うことになり、HDDを節約するためにも、これまでの
> gtool形式ではなく、NetCDFに統一しようと準備を進めて
> います。また、NetCDFを使った解析を行う場合、Perlだと
> ファイル読み書きに時間がかかり、ストレスフルなので、
> NArrayやGphysという便利なツールが満載のRubyに乗り換
> えようかと考えております。沼さんが他界される直前の2001
> 年の春に話をしたときも、これからは "Rubyだよ" と
> 言われて
> おり、あれから8年も経過してしまいましたが、時間をみつけ
> てここ1週間前から勉強を始めました。
>
> 【問題発覚】
> まずは、grib形式のJRA25データをGphysを使っ
> て、Netcdf
> 変換しようと思い、試しに、地表面気圧データ
> ( PRMSL2004010100.grib)を読み込んでみました。この中身は、
>
> $ wgrib -s PRMSL2004010100.grib
> =>  1:0:d=04010100:PRMSL:MSL:anl:NAve=0
>
> となります。これをコマンドラインで読み込むと、データを
> OPENするところでエラーストップします。
>
> irb > require 'numru/gphys'
> irb > include NumRu
> irb > gphys = GPhys::IO.open( PRMSL2004010100.grib,"PRMSL" )
>
> /usr/lib/ruby/1.8/numru/gphys/grid.rb:213:in `initialize': each
> argument must be an Axis (ArgumentError)
>        from /usr/lib/ruby/1.8/numru/gphys/grid.rb:209:in `each'
>        from /usr/lib/ruby/1.8/numru/gphys/grid.rb:209:in `initialize'
>        from prs_grib2nc.rb:78:in `new'
>        from prs_grib2nc.rb:78
>
> 試しに、TMP2004010100.gribという3次元データに変えて
> みたところ、こちらは問題なく読めます。どうもGrib.open
> のところで読み込みに失敗しているようですが、Ruby素人
> なので、原因究明ができませんでした。他の2次元データも
> 同様で、bin形式にして、ctlファイルを作ってトライしまし
> たが、結果は同様でした。これをgrads等を用いてNetCDF
> に変換すればファイルは問題なくOPENできますので、どうも
> gribやgrads形式では、2次元データサポートしていな
> いように
> 見受けられますが、何か裏技があるのでしょうか？Gphysの
> バージョンは、ちょっとわからないのですが、今月初めに
> Debian etch用のパッケージをapt-getしてインストールしました。
>
>
> 【素人プログラム】
>
> 上記にも関係しますが、JRA25を一要素ずつ時系列毎に並べた
> COARDS形式の4次元NetCDFデータを作成するためのプロ
> グラム
> を作ってみました（添付ファイル）。これは、wgribで各要素の
> データを1日毎のファイルに分割し、JRA25のデータが
> ない日は
> 欠測値（-999）を入れて時系列データを作るようにしてあります。
> Rubyが使いこなせればもう少しスマートに書けるのですが、
> １週間の勉強ではこれが限界でした。
>
> さて、ここで質問があるのですが、このファイルでは、66行目から
> 72行目のところで、3次元データ(value)を読み込ん
> で、時間軸を加え
> た4次元データ(array)を出力しているのですが、どう
> やってもRuby
> らしく書くことができませんでした。Gphysの機能を使って、
> もっと
> スマートに書けると思いますが、堀之内さんならどのようにされま
> すか？向学の為にご助言頂ければ幸いです。
>
> お忙しい中、長文で失礼いたしました。また、今後ともどこかで
> お会いした際には、どうかよろしくお願いいたします。
>
> ＃本来なら書物をもっと読んでメールすべきですが、
> ＃現在米国に滞在中でして、日本語の本が入手困難な
> ＃状況です。なんとかネットを駆使して勉強しており
> ＃ますが、至らない点が多々あると思います。その点
> ＃はどうかご容赦ください。
>
> *************************************************
> 栗田直幸　KURITA Naoyuki
> 独立行政法人　海洋研究開発機構 (JAMSTEC)
> 地球環境観測研究センター (IORGC)
> 水循環観測研究プログラム
> 〒237-0061 神奈川県横須賀市夏島町2-15
> 電話：046-867-9822
> FAX：046-867-9255
> E-mail：nkurita@xxxxxxxxxxxxx
> http://www.jamstec.go.jp
> *************************************************
>
> --------------------- Original Message Ends --------------------
>
> 堀之内 武
> 北海道大学 地球環境科学研究院 地球圏科学部門
>



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Seiya Nishizawa
Department of Earth and Planetary Atmospheric Sciences, Kobe University