配列を扱うアプリケーションがNetCDFインターフェースを使用する主な理由の一つに、高位レベルのNetCDFユーティリティとNetCDFデータの一般的なアプリケーションを利用することがある。現在では、NetCDFソフトウェア配布版の一部として2つのNetCDFユーティリティが用意されている。
ncgen はNetCDFファイルのテキスト表記を読み、対応するバイナリのNetCDFファイルもしくはそのNetCDFファイルを作成するC又はFORTRANのプログラムを作成する。
より汎用の NetCDFユーティリティが２つ FAN （File Array Notation）パッケージのに含まれている。
ncrob はテキストファイル/NetCDF変数又は属性の選択範囲からから読み込まれ、そこに出力又は書き込まれたデータに対して様々な操作（コピー、合計、平均、最大値、最小値）を行なう。
FANに関しての詳細は see http://www.unidata.ucar.edu/packages/NetCDF/fan_utils.html .
他のNetCDFユーティリティにはユーザーからの寄与があり、NetCDFデータをアクセスする様々な視覚化や解析パッケージが存在する。 無償・有償両方ののNetCDFデータをアクセスし扱えるソフトウェアの最新情報については、NetCDF Softwareリスト が次のサイトにあります。 http://www.unidata.ucar.edu/packages/NetCDF/software.html .
この章には ncgen と ncdump ユーティリティの説明があります。これら２つのツールはバイナリのNetCDFファイルとNetCDFファイルのテキスト表記間の変換を行ないます。 ncdump の出力と ncgen の入力はCDL（network Common data form Description Language）として知られる簡単な言語によってテキスト表記されたものです。