NetCDF ライブラリはエラー処理を柔軟に行なうのに必要な機能を揃えています。 個々のNetCDF 機能は整数のステータス値を返送します。もし、返送されたステータス値によっエラーが発見されると、その処理方法をどのようにするかは自由です。関連するエラーメッセージを表示することから、エラー表示を無視して続行することも（後者は推奨しかねますが）可能です。簡単な例として、このガイド中の例はエラーステータスを調べ、エラーを処理するために別個の機能を呼び出すようになっています。
返送されたせ異数のエラーステータスをエラーメッセージストリングに変換するために nc_strerror 関数が準備されています。
たまに、 low levell I/O エラーがNetCDFライブラリより下層で起こる可能性があります。 例えば、ある書き込みオペレーションにより割り当てられたディスク容量を越えてしまったら、既に存在しないデバイスに書き込もうとした場合に、NetCDFライブラリより下層からエラーメッセージを表示されることがあります。しかしながら、結果として書き込みエラーは返送されたステータス値に反映されます。